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如果手机桌面上的短信应用消失了，你可以尝试以下几种方法来恢复。
1、检查应用程序管理器：进入手机的“设置”或“应用管理”界面，查看短信应用是否被停用或卸载，如果是的话，可以尝试启用或重新安装短信应用。
2、查找系统桌面：有时候短信应用的图标可能被隐藏或移动到了其他页面或文件夹里，可以通过搜索功能或手动浏览桌面和文件夹来找到短信应用的图标。
3、数据恢复软件：如果短信应用被误删导致桌面上的快捷方式丢失，可以通过下载数据恢复软件来找回，这类软件可以扫描手机存储空间，找回被删除的应用和文件。
4、恢复出厂设置：如果以上方法都无法找回短信应用，可以考虑恢复出厂设置，但请注意，这将会清除手机的所有数据，包括其他应用程序、个人设置和文件等，在执行此操作之前，请务必备份重要数据。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系手机制造商的客服支持或前往手机维修店寻求帮助，不同品牌和操作系统的手机可能存在差异，具体操作方法可能会有所不同。